La généalogie du virus H1N1 est révélée

LA GÉNÉTIQUE RETRACE L’ÉPIDÉMIE À VIRUS A

La généalogie du H1N1 est révélée

GRÂCE À la génomique le virus influenza A (H1N1), ou S-OIV, vient de révéler son arbre généalogique. Une équipe internationale (Gavin J.-D. Smith et coll.) a tracé ses origines à la fois eurasienne et nord-américaine. L’ancêtre commun à la lignée actuelle remontant à 9 à 17 ans. Ils attribuent son éclosion au manque de surveillance systématique de ces diverses lignées au cours des dernières années.

L’analyse de l’évolution montre que chaque segment du génome du S-OIV était niché dans une lignée bien établie de grippe porcine, qui existait depuis plus de 10 ans. Malgré les carences de surveillance de cette lignée, il semble bien que ses gènes de polymérase sont issus d’un triple réassortiment de gènes aviaires, humains et porcins circulant parmi les porcs d’Amérique du Nord. Les auteurs y ajoutent que certains segments de gènes sont issus de lignées H1N1 porcines eurasiennes proches des virus aviaires.

L’identification de segments déjà mis en évidence dans des isolats de 2004 va aussi dans le sens de précurseurs porcins du S-OIV. Elle suggère une vaste distribution géographique, excluant toutefois une origine totalement eurasienne (branche phylogénétique trop longue).

De 9,2 à 17,2 ans.

Quant à la date d’apparition de la lignée épidémique actuelle, l’analyse de chacun de ses gènes permet donc de l’évaluer à 9,2 à 17,2 ans. C’est à cette période que remonte le virus porcin le plus proche. Malheureusement, les aïeux du S-OIV ont circulé dans la nature sans la moindre détection, ni échantillonnage pendant une dizaine d’années. Cet transparence face aux surveillances suggère bien un réassortiment ancien entre les deux origines. Le virus ainsi créé aurait circulé discrètement entre porcs pendant plusieurs années. La filiation directe du virus actuel remonte environ à janvier 2009 et au plus tôt à août 2008.

Les auteurs concluent que les 3 pandémies du XXe siècle étaient le fait de réassortiments de virus humains et porcins. Ils ont émergé bien des années avant les pandémies. Le virus A (H1N1) actuel suit la même voie évolutive.

Chaque année apporte son lot de questionnements et d’inquiétude sur les virus grippaux en particulier. Il faut savoir lire entre les lignes et ne pas attendre chaque fois…la pandémie du siècle…

 

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