Les bonnes bactéries de notre intestin: c’est quoi le microbiote?

Qu’est-ce que le microbiote intestinal?

Il n’y a pas si longtemps, on parlait encore de « flore intestinale ». La recherche a sérieusement avancé et désormais on parle de 100.000 milliards de micro-organismes qui peuplent nos intestins. C’est du sérieux, on ne les connait pas tous. Et pour ceux qu’on a étudiés, on ne sait pas avec précision quel est leur rôle complet. Grâce au séquençage avec des techniques avancées, on comprend mieux.

On sait que plus ce microbiote est riche et diversifié, mieux nos enfants et nous-mêmes nous nous portons bien. Mais ce microbiote s’appauvrit dans nos régions occidentales.

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Organe à part entière pesant…2 kgs !

Le microbiote intestinal est un organe à part entière, qui pèse 2 kg : plus que le cerveau (1,5 kg). Il est constitué de milliards de micro-organismes : bactéries (400 à 1 200 espèces, notamment des Firmicutes, Bacteroïdetes, Actinobacteries), champignons, protozoaires et de virus ; soit 3 millions de gènes environ (le métagénome, 150 fois plus important que le génome de l’hôte humain).

Le microbiote intestinal possède de nombreuses fonctions

  • développement de la muqueuse intestinale
  • maturation du système immunitaire
  • protection contre les pathogènes
  • aide à la digestion
  • synthèse de vitamines (K1, B12, B8)
  • métabolisme des xénobiotiques
  • accumulation et stockage d’énergie… L’intestin est d’ailleurs le premier organe lymphoïde de l’organisme (60 à 70 % des cellules immunitaires). On le nomme parfois deuxième cerveau, car il contient 100 millions de neurones.

Les causes de l’appauvrissement de notre microbiote:

  • La hausse du taux de césariennes: la formation de notre microbiote se constitue dès la naissance. Il n’y a qu’à voir l’aspect des selles d’un bébé qui vient de naître (selles dites méconiales qui sont une espèce de purée de poix sombre, parfois noire) qui va évoluer dans les jours qui suivent: c’est le microbiote qui se développe, toutes ces bonnes bactéries qui diffusent dès la rupture de la poche des eaux juste avant l’accouchement. Le bébé qui naît va ainsi être exposé à cette flore du vagin et de l’anus lorsqu’il sort par voie naturelle (par voie basse). Un bébé hélas né par césarienne n’aura pas ce contact désormais prouvé comme positif. Il y a perte de chance. C’est bien sûr un moindre mal quand on sait que la césarienne est faite pour sauver l’enfant et parfois la maman.
  • la baisse de l’allaitement: on ne le sait que trop. La reprise du travail précocement par certaines mamans, la peur d’avoir les seins déformés, etc. incitent certaines mamans à baisser les bras très vite et c’est dommage.
  • la mauvaise utilisation des antibiotiques : prescrits à mauvais escient quand ce n’est pas nécessaire ou si la molécule utilisée n’est pas la bonne. Elle va alors tout détruire sur son passage: les mauvaises ce qui est l’objectif, mais surtout les bonnes bactéries. On connait l’impact de certains antibiotiques qui donnent des diarrhées et où il faut prescrire de l’ultralevure. Dans certains pays comme les USA, un enfant reçoit en moyenne jusqu’à 20 cures d’antibiotiques avant d’atteindre l’âge de 20 ans. Ça fait réfléchir. Certes, les antibiotiques sont indispensables, mais ils doivent être donnés avec expérience. Et c’est là que l’expertise du pédiatre intervient.
  • accès à une nourriture de plus en plus industrielle par commodité (et par économie).

Quel est l’impact de cet appauvrissement de notre microbiote dans nos pays « riches » ?

On connait désormais l’impact de cette baisse du microbiote sur l’augmentation concomitante de pathologies dites « modernes » comme l’obésité, les maladies auto-immunes dont on parle de plus en plus, car mieux diagnostiquées, le stress, le diabète, la dépression, l’autisme, etc.

Que faire pour améliorer le microbiote intestinal de mon enfant ou d’un adulte?

  • utiliser les antibiotiques seulement quand il le faut
  • nourrir ces bonnes bactéries qui constituent le microbiote, avec des aliments qui vont leur être bénéfiques, par exemple des fibres solubles. On va les trouver dans les aliments suivants: pomme, haricot vert, lentille, orge, avoine, noix, lin, seigle, pois chiche, asperge, artichaut, banane, poireau, pomme de terre, sans oublier l’orange aussi. Les bactéries du microbiote vont provoquer une transformation de ces fibres en acides gras dits à chaîne courte qui auront des effets positifs: effet coupe-faim, effet anti-inflammatoire, augmentation des dépenses caloriques lors du repos, renforcement de la barrière intestinale (pour empêcher certaines toxines de passer vers le sang, comme par exemple les lipopolysaccharides qui favorisent le diabète). Attention cependant, certains enfants (et adultes) ne supportent pas une partie de ces aliments, voir avec le pédiatre.
  • prendre des probiotiques que l’on retrouve par exemple dans les yaourts, ou dans la levure de bière voire même dans le kéfir pour les adultes.(pas pour les enfants, car contient un peu d’alcool). Tous les probiotiques n’ont pas la même action. Leur efficacité éventuelle dépend de la souche, de la quantité administrée et du vecteur de cette administration. Seul le Lactobacillus reuteri , administré en prévention ou en traitement de nourrissons, nourris au semi, a pu faire la preuve à ce jour d’une « certaine » efficacité vis-à-vis des coliques du nourrisson. Donc prudence, ce n’est pas le remède miracle.

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